Technical Report コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価
Evaluation of Container Virtualized MEGADOCK System in Distributed Computing Environment

青山, 健人  ,  山本, 悠生  ,  大上, 雅史  ,  秋山, 泰

2017-BIO-49 ( 3 )  , pp.1 - 8 , 2017-03-16
近年,軽量かつ性能に優れた仮想化技術としてコンテナ型仮想化が大規模な並列計算環境に導入されはじめている.様々なライブラリやソフトウェア群を併用する機会の多い生命情報解析分野において,ライブラリや実行ファイルを既存の環境から隔離し,即時実行可能な形式でソフトウェア共有を可能とするコンテナ型仮想化技術は,大きな影響を与えると予測される.本研究では,我々の研究室で開発したタンパク質間相互作用予測システム (MEGADOCK) について,クラウド環境上の仮想マシンにコンテナ型仮想化の実装の 1 つである Docker を用いた分散計算環境を構築し,並列計算性能を評価する.
Container virtualization, is a lightweight and superior performance virtualization technology, has begun to be introduced into a large-scale parallel computing environment. In the bioinformatics field, where there are many opportunities to combine various libraries and binary files, container virtualization technology that isolates the existing software environment and enables rapidly software distribution in an immediate executable format is expected to have many effects. In this study, we have selected the Docker which is an implementation of container virtualization, constructed the distributed computing environment of a protein-protein interaction prediction system (MEGADOCK) in virtual machines on cloud computing environment, and have evaluated the results of parallel computing performance.

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