会議発表論文 SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化

後藤, 公太  ,  Goto, Kota  ,  大上, 雅史  ,  Ohue, Masahito  ,  秋山, 泰  ,  Akiyama, Yutaka

2016-BIO-46 ( 17 )  , pp.1 - 7 , 2016-06
ISSN:2188-8590
内容記述
近年,タンパク質や DNA,脂質などの解析を行うために,分子動力学シミュレーションが広く用いられており,このようなシミュレーションを行うソフトウェアに,我が国で開発されている myPresto/Omegagene がある.このソフトウェアは部分的に GPU 実装が行われている一方,シミュレーション中の拘束系の運動方程式を解く SHAKE 法の並列化は行われていなかった.SHAKE 法は CPU による計算時間のうち 1/3 を占めており,これを並列化することによる速度向上の寄与は大きいことが期待される.本研究では SHAKE 法について,CPU のみ,GPU のみ,CPU・GPU 併用の 3 通りの並列化実装を行い,最大 4.28 倍の高速化率を得た.また,SHAKE 法の計算でボトルネックになっている部分の解析を行い,高速化率が向上する条件について検討した.

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