会議発表論文 フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO

柳澤, 渓甫  ,  Yanagisawa, Keisuke  ,  小峰, 駿汰  ,  Komine, Shunta  ,  鈴木, 翔吾  ,  Suzuki, Shogo  ,  大上, 雅史  ,  Ohue, Masahito  ,  石田, 貴士  ,  Ishida, Takashi  ,  秋山, 泰  ,  Akiyama, Yutaka

2016-BIO-46 ( 18 )  , pp.1 - 7 , 2016-06
ISSN:2188-8833
内容記述
化合物群から薬剤候補化合物を選別するための計算としてタンパク質-化合物ドッキングがよく用いられるがこの手法は計算量が大きく,対象の化合物数が膨大である場合はあらかじめ化合物群を削減するプレスクリーニング手法が用いられる.構造に基づくプレスクリーニングの従来手法は簡易的にドッキング計算を行うもので,通常のドッキング計算に比べれば高速ではあるものの,数千万規模の化合物への適用には速度が大幅に不足している.本研究では,化合物群のフラグメント分割を行い,フラグメント間の計算結果の再利用をすることで超高速にプレスクリーニングを行う ESPRESSO (Extremely Speedy PRE-Screening method with Segmented cOmpounds) を提案する.簡易的なドッキング計算の 1 つである Glide HTVS と比較して,ESPRESSO は約 2,900 万件の化合物を最大約 200 倍高速にプレスクリーニングすることができた.

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