Departmental Bulletin Paper 非標識サンプルの質量分析解析からタンパク質を定量する簡易エクセルツールの作成とその応用
An Excel VBA Tool Works on Protein ldentification Results by Using Label Free NanoLC-MS Analysis

生駒, 俊和  ,  山本, 格  ,  Ikoma, Toshikazu  ,  Yamamoto, Tadashi

129 ( 12 )  , pp.729 - 741 , 2015-12 , 新潟医学会
ISSN:0029-0440
NCID:AN00182415
Description
質量分析計の進歩によりタンパク質を網羅的に解析するプロテオミクスではその情報が膨大となり, ある注目するタンパク質の定量情報を研究者が手作業で抽出することはほとんど不可能になった. この問題を解決するために高価な市販の解析ソフトもあるが, 本研究では質量分析によるプロテオミクスで非標識サンプルのタンパク質を定量する指標として使われているNormalized Spectral Index(SI_N)をエクセルで算出する簡便なツールの作成を目指した. それを用いた応用として, ヒト腎臓の皮質(6サンプル)と糸球体(3サンプル)の液体内トリプシン処理ペプチドサンプルを液体クロマトグラフィー-質量分析装置で解析し(測定条件: MS target parameter: 732 m/zと1,032 m/zの2つの条件で測定), Mascotサーチエンジンでタンパク質を同定した情報から各サンプル中のタンパク質の定量値, SI_Nを算出した. また, タンパク質同定の信頼性を高めることを可能にするため, 本ツールではペプチド同定の信頼性を示すスコア, peptide scoreが0以上の全てのペプチド情報を使う条件と20以上の信頼性の高いペプチド情報だけを使う条件でSI_Nを算出できるようにした. さらに, このツールを用いて, サンプルの均質性, プロテオーム解析結果の信頼性, 再現性を検証するために, 同一皮質サンプルと糸球体サンプルを3回測定した結果と糸球体サンプルに人為的にヒトのフケ成分をいろいろな割合で添加したサンプルの測定結果で, いくつかのタンパク質のSI_Nを求め, その変動係数率(CV)を求めた. その結果, 皮質に有意に多いタンパク質が55種類, 糸球体に有意に多いタンパク質が23種類を抽出できた. また, 本ツールを利用し, CVを算定, 比較することで各プロテオーム解析結果の信頼性を検証することが出来た. このツールは個人のパソコンでタンパク質の同定情報から注目するタンパク質のSI_Nを算出し, 発現レベルの比較を容易にできるものであることが示された.
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